Do specjalnych zadań, które wypełniał w tym okresie, należały: kolejna podróż inspekcyjna z oficerami US Army na pokładzie; transport 28 skrzyń załadowanych sztabami złota o łącznej wartości przekraczającej 1,5 milina dolarów; przewożenie grupy aktorów, dających przedstawienia dla żołnierzy pomiędzy amerykańskimi bazami i wspólne z Brytyjczykami ćwiczenia przeciwpodwodne. „Williamsburg” opuścił Islandię 7 lutego 1943 roku, by przez St. John’s dotrzeć do stoczni Bethlehem Steel w Hoboken na przegląd.
Od kwietnia 1943 do czerwca 1945 roku „Williamsburg” pozostawał na wodach Wschodniego Wybrzeża, pełniąc przez pewien czas funkcję okrętu flagowego dowódcy Szkolenia Operacyjnego Floty Atlantyckiej (Fleet Operational Training Command, Atlantic Fleet), kontradmirała Donalda B. Beary'ego. 10 lipca 1945 roku został skierowany do Norfolk Navy Yard, gdzie miano go przebudować po raz kolejny, tym razem na siłami desantowymi na Pacyfiku. Ponieważ w trakcie pobytu jednostki w stoczni Japonia skapitulowała, zmieniono jej przeznaczenie na nowy jacht prezydencki, dla zastąpienia starego USS „Potomac”. Pozostawiono przy tym sygnaturę AGC-369, przewidzianą dla okrętu dowodzenia desantem. W nowej roli „Williamsburg” wszedł do służby 5 listopada 1945 roku.