Z analizy kladystycznej przeprowadzonej przez Lü i współpracowników (2010) wynika, że Gryponyx był siostrzany do kladu obejmującego rodzaje Massospondylus, Lufengosaurus i Coloradisaurus; natomiast z analizy przeprowadzonej przez Yatesa i współpracowników (2010) wynika, że Gryponyx był w nierozwikłanej trychotomii z rodziną Massospondylidae (Massospondylus, Lufengosaurus i Coloradisaurus) oraz z kladem obejmującym grupę Anchisauria i rodzaje Yunnanosaurus oraz Jingshanosaurus
Poza G. africanus opisano jeszcze dwa gatunki należące do rodzaju Gryponyx: G. transvaalensis, opisany na podstawie kości palca kończyny przedniej i kości środstopia odkrytych w późnotriasowych (późny karnik lub wczesny noryk) osadach formacji Bushveld Sandstone w Transwalu, oraz G. taylori, opisany na podstawie kręgów krzyżowych i obręczy miednicznej odkrytych we wczesnojurajskich osadach formacji Elliot w Wolnym Państwie; nie jest jednak pewne, czy gatunki te reprezentują ten sam rodzaj co G. africanus. Galton i Culver (1976) uznali G. taylori za młodszy synonim Massospondylus harriesi, natomiast w wypadku G.