Jednocześnie flota musiała zabezpieczać komunikację Kronsztadt–Tallinn–Hanko–Wyspy Moonsundzkie, znajdującą się na całej długości pod ciągłym zagrożeniem ataków przeciwnika.
Aby osiągnąć pełne współdziałanie sił floty z wojskami lądowymi, 28 czerwca 1941 roku Flota Bałtycka została operacyjnie podporządkowana dowództwu Frontu Północnego, a po jego rozdzieleniu – dowództwu Frontu Leningradzkiego. Równocześnie flota wydzieliła siły i środki do obrony Leningradu.
Dla wsparcia wojsk lądowych na akwenach jeziornych sformowano: Flotyllę Czudzką, Flotyllę Ładoską, Flotyllę Oneską i Flotyllę Ilmieńską.
W sierpniu 1941 roku bombowce Floty Bałtyckiej, startujące z lotniska na wyspie Ozylia (Sarema), przeprowadziły pierwszy nalot na Berlin.
Przez cały rok 1941 okręty i samoloty floty założyły 9812 min.
1941 Przygotowania Kriegsmarine Przygotowania do działań wojennych przeciwko Związkowi Radzieckiemu zostały rozpoczęte wczesną wiosną. W kwietniu 1941 roku założono w Kilonii sztab dowódcy marynarki „C”, któremu miały podlegać siły morskie w rejonie od granicy niemiecko-radzieckiej (litewskiej) aż do łotewskich wysp, czyli niemal do skraju Zatoki Fińskiej włącznie.