Do zamachu na szkołę w Biesłanie przyznał się dowódca czeczeńskich oddziałów zbrojnych Szamil Basajew. Prezydent Iczkerii Asłan Maschadow oficjalnie wielokrotnie odcinał się od tych taktyk. Potępił również zamach w Biesłanie i stwierdził, że gdy Czeczenia będzie niepodległa, Basajew stanie przed sądem za ten czyn.
Separatystyczny prezydent Maschadow został zabity przez oddziały FSB w marcu 2005 roku. W czerwcu 2006 zabito jego następcę Abduł-Chalima Sadułajewa. Następcą Sadułajewa został Doku Umarow, który mianował Szamila Basajewa wiceprezydentem Iczkerii. 10 lipca 2006 roku Basajew zginął w Inguszetii podczas przewożenia dużej ilości materiałów wybuchowych. Po śmierci „terrorysty nr 1 na Kaukazie” władze rosyjskie zaczęły przyjmować kurs na wygaszanie konfliktu. 15 września 2006 roku ogłoszono trwającą do 15 stycznia 2007 powszechną amnestię, w wyniku której ujawniło się kilkuset separatystów – uczestników I i II wojny czeczeńskiej oraz osób udzielających im pomocy.
Zakończenie działań wojennych thumb|Dmitrij Miedwiediew rozmawia z Aleksandrem Bortnikowem nt. zakończenia operacji w Czeczenii (27 marca 2009) thumb|left|Władimir Putin podczas ceremonii wycofania 331 Gwardyjskiego Pułku Spadochronowego z Czeczenii.