Pojedynczy prototyp z lutego 1943 roku został określony jako Ko-hyoteki Otsu Gata (cel A typu B), piętnaście jednostek seryjnych jako Ko-hyoteki Hei Gata (cel A typu C), zaś wersja pięcioosobowa jako Ko-hyoteki Tei Gata (cel A typu D). Te ostatnie okręty otrzymały również nieformalną nazwę typu Kōryū. W starszej literaturze anglojęzycznej poszczególne podtypy nazywane są odpowiednio typami A, B, C oraz D − Koryu.
Również indywidualne miana okrętów były objęte tajemnicą. Przyjęto dla nich oznaczenia alfanumeryczne, rozpoczynające się od liter Ha, poprzedzających kolejne liczby całkowite. Dwie jednostki eksperymentalne nie miały oznaczeń (w literaturze określa się je czasem jako No. 1 i 2), dwa prototypy nazwano Ha-1 i Ha-2, okręty pierwszej serii Ha-3 do Ha-52 i Ha-54 do Ha-61, prototyp typu B Ha-53, seria typu C Ha-62 do Ha-76. Żaden z okrętów nie nosił widocznych oznaczeń, które były używane jedynie w dokumentach. U wcześniejszych autorów, niemających dostępu do japońskich archiwów, przyjął się zwyczaj określania poszczególnych jednostek przez przeniesienie na nie cyfry z nazwy ich okrętu macierzystego, poprzedzonej literą M (od angielskich słów midget submarine, oznaczających miniaturowy okręt podwodny).