Z trzech dawnych dzwonów zachował się do czasów współczesnych tylko jeden.
Po zdobyciu miasta w 1945 Armia Czerwona urządziła w świątyni stajnię. Później, po remontach, służyła jako kościół pomocniczy parafii św. Trójcy. W 1968 roku ustanowiono administratorem (nieoficjalnie proboszczem) ks. Tadeusza Kisińskiego z wydzielonego obszaru z parafii św. Trójcy. Oficjalnie parafia św. Jacka Odrowąża w Legnicy powstała w 1972 roku, a kościół św. Jacka został jej kościołem parafialnym. W 2002 został ogłoszony lokalnym sanktuarium św. Jacka w diecezji legnickiej.
25 grudnia 2013 miało mieć miejsce zdarzenie o znamionach cudu eucharystycznego, które zostało ogłoszone decyzją biskupa diecezjalnego prof. Zbigniewa Kiernikowskiego 10 kwietnia 2016 roku. Uroczyste oddanie Relikwii Ciała Pańskiego do publicznego kultu odbyło się 2 lipca 2016 roku.