W trakcie trwania intifady Al-Aksa Netanjahu wzywał rząd Szarona do wprowadzenia Sił Obronnych Izraela do palestyńskich miast i stłumienia siłą palestyńskiego powstania. W marcu 2002 Szaron rozpoczął operację Ochronna Tarcza, natomiast Netanjahu zaczął popierać koncepcję budowy muru bezpieczeństwa, który odseparowałby terytorium Autonomii Palestyńskiej od Izraela. Gdy w 2002 Partia Pracy wycofała się z koalicji rządowej, Ariel Szaron mianował Netanjahu ministrem spraw zagranicznych (do 2003).
Pod koniec 2002 Netanjahu wystartował w wewnętrznych wyborach na przywódcę partii Likud, przegrał jednak z Szaronem.
Minister finansów