W 1848 roku reprezentował w parlamencie frankfurckim polską ludność na Pomorzu, gdzie protestował przeciwko ogłoszeniu Pomorza Gdańskiego częścią Rzeszy Niemieckiej. W 1866 był posłem na sejm pruski; a od 1881 r. do parlamentu niemieckiego. W 1867 roku I. Łyskowski wspólnie z Teodorem Donimirskim i Mieczysławem Łyskowskim powołał instytucję, której celem było organizowanie corocznych sejmików gospodarczych. Po dwu latach z Teodorem Donimirskim założył w Toruniu Towarzystwo ku Wspieraniu Moralnych Interesów Ludności Polskiej pod Panowaniem Pruskim. Towarzystwo upowszechniało polską książkę, organizując czytelnie i biblioteki. W grudniu 1871 w sejmie pruskim wystąpił z petycją o równe prawa dla języka polskiego w szkołach i w życiu publicznym. Te żądania ponawiał wielokrotnie w kolejnych latach. Jego interpelacje odniosły częściowy sukces: we wrześniu 1879 roku pruski minister oświaty wydał zezwolenie na nauczanie języka polskiego jako języka nadobowiązkowego w gimnazjum w Brodnicy.
Z inicjatywy Zygmunta Działowskiego z Mgowa w Toruniu w roku 1875 powstało Towarzystwo Naukowe. Ignacy Łyskowski został jego pierwszym prezesem.
Został pochowany w krypcie kościoła parafialnego w Lembargu.