Działalność w Bydgoszczy Po śmierci ks. Józefa Choraszewskiego, proboszcza kościoła farnego w Bydgoszczy, ks. arcybiskup gnieźnieński Florian Stablewski poparł jego kandydaturę na stanowisko proboszcza tego kościoła. Wobec braku sprzeciwu władz niemieckich, z dniem 15 listopada 1899 r. zatwierdzono go na tym stanowisku. Jako proboszcz bydgoski uczył religii w bydgoskim gimnazjum królewskim i gimnazjum realnym oraz opiekował się istniejącymi przy farze stowarzyszeniami religijnymi i charytatywnymi. Szczególną opieką otaczał reaktywowane w 1892 r. Towarzystwo Robotników Polsko-Katolickich, które krzewiło patriotyzm i kulturę polską. W czasie gdy patronem Towarzystwa był ks. Markwart, organizacja ta przystąpiła do Związku Towarzystw Robotniczych w Poznaniu (1904).
Wobec trudności w zapewnieniu opieki duszpasterskiej w rozległej i ludnej parafii bydgoskiej, aktywnie zabiegał o zbudowanie w Bydgoszczy kościoła Św. Trójcy. W 1906 r. założył także cmentarz Nowofarny przy ulicy Artyleryjskiej, gdyż cmentarz Starofarny nie mógł już spełniać swego zadania, z uwagi na zapełnienie. W 1904 r. arcybiskup gnieźnieński obdarzył go godnością honorowego radcy duchownego.