Analogicznie jak w pozostałych kościołach Gdańska przypory zostały wciągnięte do wnętrza, a ściany murów obwodowych są na zewnątrz gładkie, dlatego też przestrzeń pomiędzy murami obwodowymi i nawami bocznymi wypełniają kaplice.
Wnętrze kościoła nakryte jest sklepieniem łączącym formy sklepień gwiaździstego i sieciowego wspartym na przylegających do lizen kroksztynowych wspornikach (prezbiterium) oraz na filarach międzynawowych i przyporach wewnętrznych (korpus nawowy). Sklepienia pełnią rolę nie tylko konstrukcyjną ale tworzą dekorację wystroju wnętrza, dlatego w poszczególnych częściach świątyni zróżnicowano formę sklepień; w nawie głównej niektóre żebra przecinają punkty stykowe. Ośmioboczne w planie filary o podkreślonych cegłą narożach dźwigają profilowane arkady międzynawowe. Do prezbiterium przechodzi się przez wysoką pochodzącą z 1493 r. przegrodę chórową z nabudowaną przy niej emporą chóru muzycznego.