obraz Naigrywanie Chrystusa z XVIII w.; epitafia Martina Ravenvalta ze sceną Koronowania Cierniem; syna Mikołaja Harnisha rajcy warszawskiego z obrazem Zmartwychwstanie Pańskie; Henryka Mollera rektora Gimnazjum Akademickiego z obrazem Błogosławieństwo dzieci przez Jezusa i rzeźbami przedstawiającymi cnoty oraz marmurowe epitafium obrazowe Jana Bernarda Bonifacio, markiza d'Oria, współzałożyciela Biblioteki Rady Miasta, dzieło przypisywane Abrahamowi van den Blocke.
We wschodniej części kościoła umieszczone są organy zbudowane przez organmistrza Mertena Friese w latach 1616–1618. Obecny, wielokrotnie przebudowywany instrument pochodzi z rekonstrukcji przeprowadzonej w latach 2008–2018.
Kaplica świętej Anny thumb|Wnętrze kaplicy świętej Anny Do południowo-zachodniego narożnika korpusu nawowego przylega kaplica św. Anny, powstała po 1480 na planie nieregularnego prostokąta, jednonawowa, o pięciu przęsłach. Elewację zachodnią zdobi szczyt schodkowy z prostokątnymi i ostrołukowymi blendami, wimpergami i wielobocznymi sterczynami. Wraz z elewacją zachodnią kościoła dekoracja kaplicy tworzy malowniczą całość. Wnętrze nakryte gęsto żebrowanym sklepieniem sieciowym zdobi barokowy wystrój z XVII-XVIII w., składający się m.in. z: ołtarza głównego, chóru muzycznego i ambony.