Po spełnieniu tych warunków Niemcy obiecywali bydgoszczanom wolność osobistą, bezpieczeństwo i zachowanie mienia. Naturalnie obietnica ta, złożona przez nazistów, była całkowicie niewiarygodna. W dniu 7 września 1939 ks. Schulz został aresztowany, maltretowany i m.in. przesłuchiwany osobiście przez nadburmistrza Wernera Kampe.
Po kilkunastu dniach od aresztowania, 21 września 1939 roku, przetransportowano go do obozu koncentracyjnego w Dachau, a następnie 26 września do obozu w Buchenwaldzie. Był w szczególny sposób bity i maltretowany, gdyż uznawano go kłamliwie za jednego z "morderców z Bydgoszczy", odpowiedzialnych za "krwawą niedzielę bydgoską". Mimo fizycznych i psychicznych tortur zachował niezłomną postawę, podtrzymując współwięźniów na duchu. Osadzono go w bunkrze, gdzie zmarł (według niektórych źródeł został uduszony) 30 marca 1940 roku.
Upamiętnienie W 1989 nazwę ks. Józefa Schulza nadano ulicy na bydgoskim osiedlu Błonie (uprzednio była to ul. Feliksa Dzierżyńskiego). Jego nazwisko widnieje na tablicy pamiątkowej, poświęconej zamordowanym w okresie okupacji niemieckiej księżom bydgoskiej parafii farnej, która w 1994 roku została umieszczona na ścianie bydgoskiego kościoła farnego. Kolejnym upamiętnieniem jest kamień z tabliczką pamiątkową przy bydgoskim kościele św.