W marcu 2016 w Czajkowskim jeszcze raz zwyciężył w konkursie Pucharu Kontynentalnego.
Sezon 2016/2017 W ramach Letniego Pucharu Kontynentalnego 2016 zwyciężył w pięciu konkursach, dzięki czemu zajął 1. miejsce w klasyfikacji generalnej tego cyklu. W Letnim Grand Prix 2016 najwyżej klasyfikowany był na 5. miejscu, w październikowych zawodach w Klingenthal.
W sezonie zimowym 2016/2017 Eisenbichler powrócił do regularnych występów w Pucharze Świata. Rozpoczął go od 7. lokaty w Ruce, a w kolejnych startach zajmował głównie miejsca w pierwszej dziesiątce. 11 grudnia 2016 po raz pierwszy w karierze stanął na podium konkursu indywidualnego Pucharu Świata, zawody w Lillehammer kończąc na 3. miejscu. W styczniu 2017 najwyżej sklasyfikowany był na 4. pozycji, w zawodach w Garmisch-Partenkirchen w ramach 65. Turnieju Czterech Skoczni oraz w Zakopanem, a w lutym na 6. miejscu, w konkursie w Sapporo.