Pojęcie żywności funkcjonalnej nie jest zatem ostre, spotyka się też różne jej klasyfikacje. Ze względu na specyficzny skład można przykładowo ją podzielić na żywność: wzbogaconą niskoenergetyczną wysokobłonnikową probiotyczną energetyzującą o obniżonej zawartości sodu, cholesterolu itd.
Ze względu na zaspokajanie specyficznych potrzeb można przykładowo ją podzielić na żywność: zmniejszającą ryzyko chorób układu krążenia, nowotworów, osteoporozy itd. hamującą procesy starzenia dla osób obciążonych stresem dla sportowców dla kobiet w ciąży i karmiących dla osób w podeszłym wieku dla młodzieży w fazie intensywnego wzrostu.
Bioaktywne wyizolowane lub skoncentrowane substancje, którym nadano postać preparatów farmaceutycznych nazywane są nutraceutykami. Nie są one jednak lekami, można je wykorzystać do produkcji żywności funkcjonalnej lub suplementów.
Z żywnością funkcjonalną mogą być czasem związane także pewne zagrożenia natury żywieniowej (efekt przeczyszczający, obniżenie przyswajalności niektórych składników odżywczych) oraz higieniczno-zdrowotnej (wywołanie nadwrażliwości pokarmowych, niekorzystne interakcje dodatków z innymi składnikami żywności, zanieczyszczenia).