W latach 2004–2014 zajmował stanowisko wiceprzewodniczącego, a w latach 2014–2024 przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski. W latach 2006–2016 pełnił funkcję przewodniczącego Komisji Duszpasterstwa. W latach 2009–2014 należał Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i KEP. Ponadto w latach 1992–2014 był członkiem Rady Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej.
W latach 1995–2008 był konsultorem Papieskiej Komisji ds. Religijnych Relacji z Żydami. W 2014 papież Franciszek mianował go członkiem Kongregacji Nauki Wiary. W latach 2016–2021 był wiceprzewodniczącym Rady Konferencji Episkopatów Europy. Wziął udział w sesjach Synodu Biskupów dotyczących głoszenia słowa Bożego (2008), nowej ewangelizacji (2012), rodziny (2014 i 2015), młodzieży (2018) i synodalności (2023).
Zaangażowany na rzecz ekumenizmu i dialogu międzyreligijnego. Przyczynił się do utworzenia Poznańskiej Grupy Ekumenicznej, a także zainicjował Dni Judaizmu w Kościele katolickim w Polsce. Był członkiem Komitetu Budowy Muzeum Historii Żydów Polskich w Warszawie, a następnie wszedł w skład Komitetu Wspierania tego muzeum.