Pochówki na cmentarzu odbywały się do wiosny 1942 roku. Grzebano tam m.in. osoby zastrzelone przez Niemców w Wąwolnicy i w okolicy. W roku 1940 lub 1941 Niemcy zarządzili dewastację cmentarza, do której zmusili Żydów. Część macew wykorzystano do wyłożenia drogi z rynku na północ i rowu przy niej, a zapewne także i innych miejsc. Wiosną 1942 roku Niemcy rozstrzelali na placu targowym ok. 80 osób. Ich ciała przewieziono furmankami i pogrzebano w zbiorowej mogile w południowej części cmentarza.
Na znajdującym się w Hoover Institution Archives zdjęciu z 1946 roku widać, że na cmentarzu zachowało się jeszcze wiele macew. Pozostawiony bez opieki cmentarz był jednak nadal dewastowany, a macewy zabierali mieszkańcy okolicznych miejscowości – piaskowiec, z którego wykonywano nagrobki, dobrze nadawał się do różnych celów. W 1992 roku na cmentarzu nie było już żadnej stojącej macewy. Paweł Sygowski odnalazł wtedy dwie przewrócone macewy, cztery tumby, kilkadziesiąt przyziemi oraz wiele kawałków porozbijanych macew.
W kwietniu 1993 roku pochodząca z Wąwolnicy Sara Tregerman-Ryterska ufundowała pomnik i tablicę, poświęcone ofiarom egzekucji 1942 roku oraz członkom jej rodziny, którzy zginęli podczas wojny.