Część oddziałów straży przedniej król ustawił w pobliżu klasztoru Klara oraz na moście Blasieholmen.
thumb|left|200px|Sten Sture Starszy
Bitwę rozpoczęła gwałtowna wymiana ognia z broni palnej, w trakcie której duński król trafiony został kulą w twarz. Monarcha w wyniku tego postrzału utracił kilka zębów, po czym wycofał się na tyły. Następnie poszczególne oddziały szwedzkie rozpoczęły atak na przeciwnika. Po włączeniu się wszystkich szwedzkich sił pomocniczych, armia duńska została rozproszona a jej straty były znaczne. Wielu Duńczyków podjęło próbę przedarcia się na własne okręty, jednak mosty, którymi zamierzali się wycofać zostały wcześniej zniszczone przez Szwedów. Duńczycy ponieśli klęskę, jednakże liczba ich zabitych i rannych w tej bitwie nie jest znana.
Zwycięstwo pod Brunkenbergiem przyniosło szwedzkiemu regentowi wielki rozgłos wśród ludności kraju. Wielu podwładnych domagało się ogłoszenia władcy świętym. Bitwę symbolizowała odtąd rzeźba autorstwa Bernta Notke przedstawiająca Św.Jerzego w walce ze smokiem.