Wiele mieszkań po wysiedlonych Żydach zostało splądrowanych przez miejscową ludnośćJan Szczepański, Władze i społeczeństwo Drugiej Rzeczypospolitej wobec bolszewickiego zagrożenia w 1920 roku, Warszawa: Wydawnictwo Sejmowe 2022, ISBN 978-83-7666-720-1, s. 354.. 10–28 września 1939 – obrona Twierdzy Modlin. Zakroczym włączony w pierścień obrony Twierdzy Modlin, obsadzały go początkowo pododdziały 8 DP, a od dnia 15 września 2 Pułk Piechoty 2 DP Legionów, dowodzony przez płk Ludwika Czyżewskiego. Pod rozkazami dow. 2 pp Legionów pozostały pododdziały 8 DP – VI i VII baon marszowy z 32 pp, obronę wzmacniała jeszcze grupa podchorążych w liczbie ok. 200. Obrona miasta była zacięta, odcinek Zakroczym poddał się razem z Twierdzą Modlin, jednak żądni sukcesu Niemcy z dywizji SS Kempf pomimo wywieszenia przez obrońców białych flag wzięli miasto szturmem, obchodząc je od tyłu i boku. 28 września 1939 – SS-mani z Dywizji „Kempf” rozstrzelali ok. 600 osób, w tym 500 wziętych do niewoli żołnierzy Wojska Polskiego. 1944 – utworzenie obozu dla ok. 30 000 deportowanych z powstania warszawskiego na terenie fortu. 1945 – koniec II wojny światowej, miasto jest zniszczone w 78%. 1946 – miasto odznaczone zostaje Złotym Krzyżem ZasługiTomasz Chludziński, Janusz Żmudziński „Mazowsze, mały przewodnik” Wyd. Sport i Turystyka Warszawa 1978 s.