W latach 1600–1633 przeprowadzono restaurację zniszczonego klasztoru i kościoła, któremu nadano formę barokową zdobiąc fasadę figurami św. Franciszka i św. Jana Chrzciciela (obecnie na placu przed kościołem). W 1628 roku odnowiono kaplicę Matki Boskiej Różańcowej. W 1752 roku od strony północnej wybudowano barokową kaplicę Matki Boskiej Szkaplerzowej. W związku ze złym stanem klasztoru odrestaurowano go w 1841 roku. W 1864 roku po kasacie zakonu, franciszkanie musieli odejść z klasztoru, w którym umieszczono szkołę. W latach 30. XX wieku klasztor wyremontował i rozbudował architekt Kazimierz Skórewicz. W dniu 28 lipca 1944 roku zabudowania kościoła i klasztoru zostały zbombardowane przez wojska radzieckie, w wyniku czego pożar wypalił wnętrze, stropy i dachy. Ocalało jedynie sklepienie prezbiterium. Po zniszczeniach wojennych kościół regotyzowano w latach 1945–1949 pod kierunkiem Józefa Jamroza, usuwając naleciałości barokowe. Kolejne prace konserwatorskie przeprowadzono w latach 80. XX wieku. Kościół posiada jedną nawę przykrytą stropem i wydłużone XIII wieczne prezbiterium ze sklepieniem krzyżowo-żebrowym i późniejszym XV wiecznym sklepieniem gwiaździstym w przęśle zachodnim.