Praca naukowa Już w momencie ukończenia studiów został zatrudniony w Akademii jako wykładowca. W swojej pracy naukowej Władimir Troicki w szczególności interesował się pojęciem Kościoła, o którym pisał jako o organizmie i ciele mistycznym, którego poszczególni członkowie są złączeni więzami miłości. Od stycznia 1913 był wykładowcą katedry Nowego Testamentu z tytułem naukowym docenta; w maju tego samego roku otrzymał tytuł profesora. Wcześniej, 28 marca 1913, Władimir Troicki złożył wieczyste śluby zakonne z imieniem Hilarion. 11 kwietnia tego samego roku został wyświęcony na hierodiakona, 2 czerwca – na hieromnicha, zaś 5 lipca otrzymał godność archimandryty. Wykładowcą Akademii pozostawał do 1919.
Współpraca z patriarchą Tichonem Był uczestnikiem Soboru Lokalnego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w latach 1917–1918, w czasie którego opowiadał się za restauracją patriarchatu w Rosji. Po obraniu na tron patriarszy biskupa Tichona archimandryta Hilarion został jego sekretarzem i konsultantem ds. teologicznych. Funkcję tę pełnił do marca 1919, gdy został aresztowany i uwięziony na Butyrkach;