4 maja 2010 roku Anglik podpisał 5-letnią umowę z Blackburn Rovers. Sezon 2010-2011 Jones rozpoczął jako pomocnik i stał się regularnym piłkarzem „Rovers”. W czerwcu 2011 r. przeszedł do Manchesteru United za 16,5 mln funtów i podpisał 5-letni kontrakt. 29 czerwca 2015 r. przedłużył kontrakt z klubem do czerwca 2019 r. z opcją przedłużenia go o kolejny rok. 8 lutego 2019 r. przedłużył ponownie kontrakt do czerwca 2023 r.https://www.manutd.com/en/news/detail/phil-jones-signs-new-contract-with-manchester-united 19 maja 2023 r. wraz z zakończeniem swojego kontraktu odszedł z Manchesteru United.https://www.manutd.com/en/news/detail/phil-jones-to-leave-manchester-united-after-12-years-at-the-club
17 sierpnia 2024 roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.
13 lutego 2026 roku został asystentem Michaela O'Neila w Blackburn Rovers.