Pomijając środkową cześć Ceuty, która jest przesmykiem, to obszar o górzystym charakterze. Wysokości nad poziomem morza są niewielkie. Skrawek gór Ar Rif, leżący w zachodniej części Ceuty to w zasadzie obszar podgórski, o niewielkich wysokościach na poziom morza. Na terytorium Ceuty wznosi się Monte Hacho, wzgórze uznawane za afrykański Słup Heraklesa. Najwyższym punktem Ceuty jest Monte Anyera o wysokości 349 m n.p.m.
Klimat Ceuta leżąc na wybrzeżu północno-zachodniej Afryki leży w regionie klimatu podzwrotnikowego o jego śródziemnomorskiej odmianie. W okresie zimowym terytorium dostaje się pod wpływ wilgotnych i chłodnych mas powietrza polarnomorskiego, które wiosną ustępuje miejsca masom zwrotnikowym.
Temperatury swoim rozkładem rocznym odzwierciedlają ciepły śródziemnomorski klimat, który występuje na obszarze tego terytorium. W okresie zimowym średnie wartości wynoszą 12–14 °C, zaś latem w okresie czerwiec-wrzesień to 19–22 °C. Temperatury są dość łagodne ze względu na działanie Morza Śródziemnego i obecność gór Atlas. Najwyższe wartości termiczne latem wynoszą 25 °C.