Dzięki torfowiskom występuje tutaj wiele gatunków roślin bardzo rzadkich w Karpatach: bagnica torfowa, bagno zwyczajne, czermień błotna, grzybienie białe, jeżogłówka najmniejsza, malina moroszka, modrzewnica pospolita, pływacz drobny, pływacz zwyczajny, pływacz zachodni, przygiełka biała, rdestnica alpejska, rosiczka długolistna, siedmiopalecznik błotny, turzyca bagienna, turzyca nitkowata, turzyca skąpokwiatowa, turzyca pchla, wełnianka delikatna, żurawina drobnoowocowa, a także głodek żółty, lilia bulwkowata, nerecznica grzebieniasta, sosna drzewokosa.
Ze względu na unikatowe w skali Karpat nagromadzenie torfowisk i związanych z nimi specyficznych siedlisk planowane jest utworzenie na Kotlinie Nowotarskiej specjalnych obszarów ochrony pod nazwą „Torfowiska Orawsko-Nowotarskie”. Mają one objąć obszar 8255,62 ha.
Klimat Znajduje się na obszarze klimatu umiarkowanie ciepłego, jednakże o cechach klimatu kontynentalnego. W zimie bowiem w kotlinie przy bezwietrznej pogodzie gromadzi się zimne powietrze i występują częste zamglenia. Latem natomiast mikroklimat jest tutaj bardziej ciepły i suchy, niż na otaczających kotlinę górach.