Wody Z powodu nierównomiernych opadów i występujących w porze letniej okresowych susz, zasobność wodna Izraela jest niewielka. Zasoby wód powierzchniowych są niewielkie. Wody podziemne w Izraelu występują w dwóch basenach. Jeden zbiornik podziemnych wód leży wzdłuż wybrzeża Morza Śródziemnego, a drugi na terenach górzysto-wyżynnych.
Na wschód od centralnego masywu znajduje się rów tektoniczny Doliny Jordanu, którym płynie największa izraelska rzeka – Jordan (długość 322 km). Źródła rzeki Jordan znajdują się na północy, na zboczach najwyższego szczytu Izraela, góry Hermon (2814 m n.p.m.). Następnie rzeka przepływa przez Dolinę Hula i wpada do Jeziora Tyberiadzkiego. Kierując się dalej na południe, rzeka Jordan płynie rowem tektonicznym i kończy swój bieg w Morzu Martwym. Lustro wody znajduje się na najniżej położonym obszarze lądowym Ziemi – 438,5 m p.p.m. (stan na grudzień 2023 r.) i ciągle się obniża. Na południe od Morza Martwego znajduje się Ha-Arawa i Zatoka Akaba.
Gleby Warstwa glebowa jest uboga i słabo wykształcona. Występują skaliste lentosole i piaszczyste arenosole. Na południu kraju głównymi glebami są brunatne kambisole, zaś północne obszary Izraela pokryte są kalcisolami, które zawierają dużą ilość nie scementowanych węglanów.