Jafa służyła jako port morski przez 4000 lat.
W 1099 chrześcijańskie wojska I wyprawy krzyżowej, dowodzone przez Gotfryda z Bouillon, zdobyły Jafę, która stała się miastem portowym Królestwa Jerozolimskiego. Jako Hrabstwo Jafy miasto szybko stało się ważnym portem na głównej drodze morskiej prowadzącej do Królestwa Jerozolimy. W 1192 Jafa została zdobyta przez muzułmańskie wojska Saladyna, ale bardzo szybko odbił ją Ryszard I Lwie Serce, który rozbudował fortyfikacje obronne miasta. Dominacja krzyżowców skończyła się w 1268, kiedy sułtan Bajbars zdobył miasto i zniszczył jego mury obronne oraz port. W XVI wieku Jafa została zajęta przez Turków Osmańskich i była rządzona jako wieś należąca do Sandżaku Gazy (część Prowincji Syrii). 7 marca 1799 miasto zajął Napoleon Bonaparte. Wojska francuskie dokonały rzezi na jego mieszkańcach. W kolejnych dniach z rozkazu Napoleona zostało rozstrzelanych od dwóch do czterech tysięcy wziętych do niewoli żołnierzy z tureckiego garnizonu. Następnie epidemia dżumy zdziesiątkowała pozostałą populację.