Majotta jest wyspą pochodzenia wulkanicznego i stanowi najstarszą część archipelagu Komorów. Wyspę cechuje podobna budowa geologiczna co cały archipelag Komorów, główny udział mają bazalty. Majotta urozmaicona jest niskim, górzystym krajobrazem, gdzie występują stare wygasłe stożki wulkaniczne. Przeciętne wysokości wyspy wynoszą 500–600 m n.p.m. Najwyższy szczyt wyspy Benara wznosi się na 660 m n.p.m. Na wyspie występują równinne tereny urozmaicone szerokimi dolinami, które opadają ku morzu i rozcinają nadmorskie falezy. Główne wzniesienia wyspy to wypreparowane ostańce zbudowane z twardych skał.
thumb|Wybrzeże Majotty
Klimat Majotta z racji swojego położenia leży w strefie klimatu podrównikowego wilgotnego. Cechą charakterystyczną jest występowanie dwóch pór roku: deszczowej i suchej, gdzie wpływ na rozkład opadów mają monsuny. Temperatury są typowe dla obszarów okołorównikowych. Średnie wartości wynoszą 24-27 °C. Dobowe amplitudy nie przekraczają 10 °C. Najwyższe wartości osiągają 30-32 °C. Opady są wysokie i wynoszą od 1 000 do 1 500 mm rocznie. Rozłożone są nierównomiernie w ciągu roku, częstym zjawiskiem jest susza. Pora deszczowa trwa do 5-6 miesięcy. W okresie wieloletnim obserwuje się nieregularność opadów.