Proces Rudy Guede bezpośrednio po morderstwie uciekł do Niemiec. Tam został aresztowany i przekazany włoskiemu wymiarowi sprawiedliwości. Prokurator utrzymywał, że Guede i Sollecito przytrzymywali siłą Kercher, zaś Knox podcinała jej gardło i zadawała rany kłute. Sąd pierwszej instancji skazał Guede na 30 lat więzienia. Wyrok zmniejszono później do 16 lat.
Proces wobec Amandy Knox i Raffaele Sollecito, który toczył się dwukrotnie, miał charakter poszlakowy. Oskarżenie Amandy Knox opierało się na znalezionych próbkach DNA i śladach krwi znalezionych na nożu, którym zamordowano Meredith Kercher. Ślady DNA miały być zgodne z DNA Amandy i Raffaele. Na tej podstawie sąd skazał Amandę na 28,5 lat więzienia, a Raffaele na 25 lat. Niezależni eksperci podali w wątpliwość wiarygodność badań szczątkowego DNA, przez co uniewinniono podejrzanych. Oskarżyciele zapowiedzieli odwołanie do Sądu Najwyższego. Podjęto decyzję sądzenia Amandy zaocznie, która zaraz po uwolnieniu wróciła do rodzinnego Seattle. Sąd pierwszej instancji skazał w 2009 roku Amandę Knox na 26 lat więzienia, a Raffaele Sollecito na 25 lat za napaść seksualną i morderstwo.