W listopadzie 1928 roku został aresztowany za szpiegostwo na rzecz Watykanu, Niemiec i Polski. Został skazany na trzy lata więzienia i wysłany do obozu Wyspy Sołowieckie. Powrócił do Leningradu w 1930 roku. został ponownie oskarżony wraz z żoną i bratem pod zarzutem działalności wywrotowej. W sierpniu 1931 roku został skazany na pięć lat więzienia. Zniszczono wtedy dużą część jego rękopisów. W marcu 1933 został przedwcześnie wypuszczony na wolność (poręczył za nim Władimir Boncz-Brujewicz). Pracował jako archiwista rękopisów greckich w bibliotekach publicznych oraz wykładał historię Bizancjum na Uniwersytecie Leningradzkim. 27 listopada 1937 został aresztowany pod zarzutem szpiegostwa na rzecz Niemiec. Wraz z nim aresztowano jego dwóch synów i brata (w 1937 roku zostali rozstrzelani). 17 stycznia 1938 roku został rozstrzelany w Leningradzie. Został zrehabilitowany w 1958 roku.
Był członkiem Bawarskiej Akademii Nauk od 1914 roku, Rosyjskiej Akademii Nauk od 1924 roku i Pruskiej Akademii Nauk i Akademii Nauk w Strasburgu od 1929 roku.