Lufthansa była pierwszym przewoźnikiem, który przystąpił do tego programu. lewo|mały|Airbus A340-300 w starym malowaniu Lufthansy W czerwcu 2003 Lufthansa otworzyła nowy terminal lotniczy w Monachium, aby odciążyć swój główny port we Frankfurcie. Międzynarodowy port lotniczy im. Franza Josefa Straußa jest jednym z pierwszych w Europie terminali będących częściowo własnością linii lotniczych. 22 marca 2005 Lufthansa połączyła się ze szwajcarskim przewoźnikiem Swiss.
W zimie 2007 Lufthansa rozpoczęła montaż systemu rozrywki na życzenie w kabinie klasy ekonomicznej w samolotach długodystansowych Flight Global, 15/08/07..
20 stycznia 2015 linie lotnicze Lufthansa odebrały pierwszego Airbusa A320neo. 12 lutego zaprezentowano pierwszy raz nowe samoloty na oficjalnej prezentacji dla mediów z lotem demonstracyjnym. Uroczystości połączone były z czterdziestą rocznicą współpracy Airbusa i Lufthansy. Plany zakładają użytkowanie 71 zamówionych samolotów A320neo i 45 sztuk A321neo. Zamówienie uwzględnia przekazanie części maszyn dla przewoźnika Swiss.
W 2017 Lufthansa została pierwszą europejską linią lotniczą, której brytyjska firma ratingowa Skytrax przyznała najwyższe, pięciogwiazdkowe odznaczenie dla najlepszych przewoźników lotniczych na świecie.