W latach 1986–1991 i 1992–1998 był radnym regionu Alzacja, pełnił funkcję wiceprzewodniczącego rady regionalnej. W 1989 został wybrany do rady miejskiej Miluzy, w której zasiadał do 1994. Również w 1989 poprowadził Zielonych do wyborów europejskich, w których jego partia zdobyła prawie 11% głosów oraz 9 miejsc w Parlamencie Europejskim III kadencji. Jeden z mandatów przypadł liderowi ugrupowania, wykonywał go do 1991.
W 1993 podczas konwencji w Lille Dominique Voynet pokonała go w wyborach na stanowisku przewodniczącego partii. Pod jej przywództwem ugrupowanie zaczęło deklarować współpracę wyborczą wyłącznie z partiami lewicowymi. Na skutek zmiany polityki oraz ideologii Antoine Waechter odszedł z partii, po czym w 1994 założył Niezależny Ruch Ekologiczny (MEI). Nowa formacja miała doprowadzić do rozłamu wśród Zielonych i stać się główną partią ekologiczną, ruch nie zdołał jednak zdobyć większego poparcia społecznego. Jego lider bez powodzenia zamierzał startować w kolejnych wyborach prezydenckich, nie będąc w stanie zarejestrować swojej kandydatury. Od 2001 uzyskiwał mandat radnego miejscowości Fulleren.