Dzięki położeniu geograficznemu szybko stało się ono centrum handlowym łączącym Rosję, Chiny i Mongolię. Do dzisiaj zachowały się w centrum stare obiekty handlowe, rzeźbione w drewnie i kamieniu, przykład rosyjskiego klasycyzmu. W 1878 miasto niemal doszczętnie spłonęło, po czym zostało odbudowane. W mieście można znaleźć przykłady współistnienia obok siebie lamaizmu (Dacan Iwołgiński) i rosyjskiej cerkwi prawosławnej (katedra).
Gdy pojawiły się informacje na temat budowy Kolei Transsyberyjskiej, Rada Miejska postanowiła rozpocząć działania zmierzające do przeprowadzenia trasy przez Wierchnieudińsk. Stwierdzono, że jeżeli tak się nie stanie, miasto runie i przemieni się w żałosną, zapadłą wioskę. 15 sierpnia 1899 do miasta przyjechał pierwszy pociąg. Władze Wierchnieudińska poprosiły jego mieszkańców, aby z tej okazji wywiesili flagi państwowe, a wieczorem zapalili przed domami lampy naftowe.
W 1923 roku miasto zostało stolicą Buriacko-Mongolskiej ASRR. Od 1938 mieściła się tu centrala obozu Jużłag, wchodzącego w skład systemu gułagów. W latach 1958–1992 miasto było stolicą Buriackiej ASRR.
W 1984 roku miasto zostało odznaczone Orderem Czerwonego Sztandaru Pracy. W 2006 przyznano status powiatu miejskiego.