Z końcem XVI w. miasto znalazło się w rękach Stadnickich, którzy przystąpili do rekatolicyzacji. W czerwcu 1624 r. przez okoliczne miejscowości przeszedł oddział Tatarów, paląc i niszcząc osady. W 1674 r. Jan Opaliński, który przejął dobra rymanowskie po Zebrzydowskich, wystawił dokument (dotyczący popostwa w Wołtuszowej) podpisany „dano na zamku moim rymanowskim”. Po śmierci Opalińskiego zamek przeszedł na krótko na własność Jana Samuela Czartoryskiego, który wydał rozporządzenie o odwoływaniu się od wyroków sądu miejskiego do zamku rymanowskiego. Rymanów wielokrotnie padał ofiarą napadów, nie tylko wojsk szwedzkich, czy rosyjskich, ale nawet zbójnickich. Jeden z nich miał miejsce w 1677 r.
Począwszy od XVI wieku miasto posiadało stale rosnącą populację Żydów, którzy zapewne jeszcze w tym samym wieku założyli cmentarz. W XVII wieku została wybudowana synagoga Bejt-ha-kneset. W 1765 r. Żydzi stanowili blisko połowę mieszkańców miasta. W tym czasie Rymanów stał się ważnym ośrodkiem chasydyzmu, szeroko rozpowszechnionego w ówczesnej Galicji. W XIX w. działało dwóch sławnych cadyków: Menachem Mendel i jego uczeń Cwi Hirsch.