Od początku lat 90. IV wieku napisał lub ukończył pisanie kilku swoich dzieł między innymi: „O wierze i Symbolu”, „O prawdziwej wierze”, „O wolnej woli” i komentarze do Listu do Rzymian. W 397 roku zaczął pisać swoją duchową autobiografię pt. „Wyznania”. Ponieważ w Hipponie brakowało książek, Alipiusz zwrócił się po nie do Paulina z Noli, a Augustyn do Hieronima ze Strydonu. Jako biskup starał się rekrutować nowych kapłanów, zwłaszcza mówiących lokalnym dialektem, aby mogli oni pełnić funkcje kaznodziejskie. Ubierał się z reguły w czarną prostą suknię, zwaną birrusem, która wyróżniała go spośród społeczeństwa. Często pełnił także funkcję arbitra, rozstrzygającego spory, w których odwoływał się do sądu Bożego. W 396 roku, po śmierci Waleriusza, objął stolicę biskupią w Hipponie.
Jeszcze przed przyjęciem sakry rozpoczął ofensywną polemikę przeciwko donatystom, ponieważ katolicy byli w Hipponie w mniejszości. Jednocześnie wygłaszał kazania przeciwko poganom, którzy oburzyli się po zamykaniu ich świątyń przez urzędników cesarskich w 399 roku. Mimo że donatyści bezwzględnie traktowali innowierców i odstępców, Augustyn był przeciwny stosowaniu przemocy wobec nich.