W szarży ułanów poznańskich poległ mjr Franciszek Mycielski. W 1863 roku na Górze Rykowej pod Rajgrodem stracono powstańca Narzymskiego. W 1863 roku miasto utraciło prawa miejskie, które przywrócono w 1924 roku po odzyskaniu niepodległości. W latach 1870–1923 siedziba gminy Rajgród. W 1937 roku rozpoczęto budowę nowej szkoły.
W 1807 roku leśniczym w leśnictwie Rajgród zostaje Józef Sienkiewicz – dziadek Henryka Sienkiewicza, a 30 czerwca 1813 roku we wsi Woźnawieś urodził się jego ojciec Józef Paweł Ksawery.
W okresie międzywojennym stacjonowała tu placówka Straży Celnej „Okoniówek” i placówka Straży Celnej „Rajgród”. W 1921 mieszkało tu 2291 osób. W 1929 istniał w mieście kościół katolicki oraz synagoga. Budynek bożnicy był drewniany. Obecnie nie istnieje.
W 1941 roku w Rajgrodzie doszło do pogromu miejscowych Żydów. W wyniku zbiorowych egzekucji, w których brali udział niektórzy Polacy zginęło około 100 osóbNie jest jasne czy Polacy działali za zgodą czy na polecenie Niemców..
W latach 1941–1944 Rajgród znajdował się w granicach Bezirk Bialystok.
W lipcu 1941 Niemcy utworzyli tam getto dla ludności żydowskiej. Przybywało w nim ok. 1200 Żydów z Rajgrodu i okolicznych miejscowości.