Ukształtowanie poziome Archipelag Sokotry składa się z największej wyspy Sokotra, która ma 3579 km² powierzchni, drugiej co wielkości wyspy Abd al-Kuri mającej powierzchnię 133 km², wyspy Samha mającej około 40 km², oraz wyspy Darsa mającej około 10 km². Wyspy mają umiarkowanie rozwiniętą linię brzegową, gdzie występują niewielkie zatoki. Wybrzeże wszystkich wysp jest większości skaliste, gdzie miejscami występują wapienne klify. Ponadto ciągną się także odcinki z piaszczystymi plażami.
Budowa geologiczna i rzeźba Sokotra, jak i pozostałe wyspy leżą na północnym krańcu płyty afrykańskiej, niemal na granicy płyt: afrykańskiej i arabskiej. Sokotra jest wyspą pochodzenia kontynentalnego. Wyspy są w większości zbudowane z wapieni, a Abd al-Kuri otoczona jest rafą koralową. Sokotra jest wyspą górzystą, gdzie średnie wysokości nad poziom morza wynoszą 400–500 m n.p.m., a obszary nizinne zajmują niewielką część kraju skupiając się na wybrzeżu. Góry Hadżhir zajmują wschodnią część Sokotry, gdzie najwyższy szczyt Jebel Meshenig ma około 1503 m n.p.m. Rzeźba Sokotry jest urozmaicona, gdzie występują płaskowyże, suche doliny wadi, czy równiny leżące na wybrzeżu. Na Sokotrze znajdują się także krasowe jaskinie.