Zaopatrywała ona w ikony i całe ikonostasy odbudowywane cerkwie na terenach okupowanych. Od grudnia 1942 misja prowadziła w Wilnie i Pskowie kursy seminaryjne dla duchownych z okupowanych terenów. Misja prowadziła aktywną działalność wydawniczą − wydawała modlitewniki, kalendarze oraz periodyk Prawosławnyj christianin (ukazujący się od sierpnia 1942). Działalność misji, przynajmniej oficjalnie, była w całości pokrywana z jej własnych dochodów. Według niektórych rosyjskich historyków, funkcjonowała ona również za cichym przyzwoleniem i poparciem NKWD, dla której działalność misji stwarzała możliwość pomocy partyzantce bolszewickiej na okupowanych terenach. Agenci których udało się umieścić w szeregach misjonarzy byli ponadto nieocenionym źródłem informacji.
Jesienią 1943 roku pomiędzy władzami niemieckimi a zarządem misji wybuchł konflikt na tle wyboru w Moskwie na patriarchę dotychczasowego locum tenens Patriarchatu Sergiusza (Stragorodskiego). Niemcy zażądali wydania oświadczenia potępiającego synod jako zwołanego i obradującego pod kontrolą komunistów oraz zerwania z patriarchatem. Sergiusz (Woskriesienski) wydał w tej sprawie stosowne oświadczenie, jednak nie zawierało ono postulatów wysuwanych przez okupantów. Kres działalności misji nastąpił jesienią 1944 wraz z wkroczeniem oddziałów Armii Czerwonej.