Praca duszpasterska Po powrocie do kraju został proboszczem parafii św. Józefa w Quincy, przeznaczonej dla ludności czarnej. W wyniku konfliktu z rasistowskim i zazdrosnym o rosnące zainteresowanie ks. Toltonem wśród białych nowym dziekanem, musiał opuścić Quincy i z otwartymi ramionami przyjęty został przez abpa Patricka Feehana w archidiecezji Chicago. Był rok 1889. Miał się odtąd opiekować społecznością czarnoskórych amerykanów z parafii Najświętszej Maryi Panny. Wyodrębniona została wówczas nowa parafia św. Moniki, tylko i wyłącznie dla Afroamerykanów. Ks. Tolton pracował ponad siły, nie miał czasu nawet na integrację z miejscowym duchowieństwem. Wszystkie siły i czas poświęcał pracy wśród powierzonego mu ludu. Oprócz tego zaangażował się w budowę kościoła, lecz z powodu braku funduszy prace szły bardzo powoli.
Śmierć Tydzień przed śmiercią ogłosił z ambony, iż wyjeżdża na spotkanie duchowieństwa archidiecezji organizowane w Bourbonnais, niedaleko Chicago. Ludzie widzieli wówczas przed sobą człowieka schorowanego, któremu drżały ręce podczas udzielania komunii, i który musiał często siedzieć, nawet podczas głoszenia kazań. W wieku 43 lat wydawał się wyczerpanym starcem. Na spotkanie wyruszył 9 lipca w piątek.