Pod wpływem gnostyckich idei nie ukończył studiów prawniczych i w 1617 roku wrócił do rodzinnego majątku w Ludwigsdorf. Nie przyjął posady w szkole chrześcijańskiej. Odziedziczył rodzinny majątek w Ludwigsdorf w 1623 roku, który przekazał bratu Balthazarowi w zamian za prawo do zatrzymania kilka małych pomieszczeń w rodzinnym domu. Żył bardzo spokojnie rzadko wychodził z pokoju wiele czasu poświęcał na studiowanie dzieł takich myślicieli, jak Johannesa Taulersa, Kaspara Schwenckfelda i Jakoba Bohme. Szczególnie silny wpływ wywarło na Franckenbergu dzieło „Aurora, czyli Jutrzenka o poranku” (niem.) „Aurora oder die Morgenröthe” Jakoba Boehme, z którym spotkał się na zamku w Świnach w 1623 roku i do którego zachował szacunek do końca swojego życia. W 1634 roku wybuchła na Śląsku zaraza, wszyscy uciekli, pozostał Franckenberg i kilku jego pacjentów, których leczył i z którymi grzebał zmarłych. W 1640 roku retoryka Franckenberga została zakwestionowania przez Georga Seidela, luterańskiego kaznodzieję z Oleśnicy a sam Franckenberg uznany został za nietolerancyjnego. Zmęczony i rozgoryczony oraz mając na uwadze fakt, że wydarzenia z lat wojny trzydziestoletniej idą w niewłaściwym kierunku, Franckenberg wyjechał w 1641 roku do Wrocławia. Zimę 1642/43 spędził w Holandii, gdzie zajmował się publikowaniem dzieł Böhme.