Od XIV w. rozpoczął się okres sporów o prawo własności do sanktuarium betlejemskiego między przedstawicielami Kościoła łacińskiego, tzn. franciszkanami i przedstawicielami Prawosławnego patriarchatu Jerozolimy reprezentowanego przez mnichów pochodzących z Grecji. Ci ostatni, jako poddani Wysokiej Porty, często byli faworyzowani przez Turków, po tym jak w 1517 r. Turcy przejęli władzę w Palestynie. Prawo celebracji i pieczy nad poszczególnymi częściami bazyliki, nie wyłączając samej Groty Narodzenia, zależało od tego, który z narodów popierających franciszkanów lub mnichów prawosławnych zyskiwał większą przychylność Istambułu. Prawosławni mnisi znajdywali poparcie w Carstwie, a następnie w Imperium Rosyjskim. Najcięższe lata, jeśli chodzi o własność łacińską przypadły na okres obejmujący lata 1645–1669. Imperium Osmańskie wyparło wówczas Wenecjan z Krety. Mnisi greccy otrzymali w związku z tym prawo remontu poddasza, przejmując przy okazji całą bazylikę i Grotę Narodzenia. Łacinnicy odzyskali część bazyliki i całą Grotę w 1690 r. Z 1717 r. pochodzi istniejąca do dzisiaj srebrna gwiazda z napisem Hic de Virgine Maria Jesus Christus natus est na miejscu narodzenia w centralnej niszy Groty Narodzenia. Grecy odebrali franciszkanom bazylikę, a w czczonej Grocie ołtarz Narodzenia Pańskiego w 1757 r. W 1847 r.