Dach pokrywają ołowiane blachy.
Do podziemi bazyliki schodzi się z obu stron platformy przed greckim ikonostasem. Oprócz najważniejszej części sanktuarium, jaką jest Grota Narodzenia, mniej więcej pod północną absydą transeptu znajdują się zamienione na kaplice groty, które należą do franciszkanów. Do minorytów należy również niewielka grota pod absydą centralną, nie jest ona ogólnie dostępna. Mnisi greccy posiadają szereg sztucznych grot w podziemiach pod wschodnią częścią naw po prawej stronie bazyliki. Wejście do nich znajduje się od strony dziedzińca na terenie monasteru greckiego.
Grota Narodzenia
Wejścia do niej znajdują się we wnętrzu transeptu bazyliki z dwóch stron platformy przed ikonostasem. Sama grota ma w przybliżeniu kształt prostokąta o długości 12,3 m i szerokości 3,5 m. Według miejscowej tradycji, poświadczanej przez wieki przez nawiedzających to miejsce pątników z Europy i innych części świata, Maryja urodziła Jezusa i owiniętego w pieluszki złożyła w żłobie. Świadectwo o tym wydarzeniu zawierają również nowotestamentalne ewangeliePor. Łk 2,6–7 oraz pośrednio Mt 2,1. . W centralnej części znajduje się samo miejsce Narodzenia Pańskiego z łacińską srebrną gwiazdą z 1717 r., greckim ołtarzem i uszkodzoną mozaiką.