działalności w zakresie badań podstawowych; upowszechnianie w środowisku naukowym informacji o ogłaszanych przez NCN konkursach; inspirowanie i monitorowanie finansowania badań podstawowych ze środków pochodzących spoza budżetu państwa; inne zadania zlecone przez ministra właściwego do spraw nauki, ważne dla rozwoju badań podstawowych, w tym opracowywanie programów badawczych ważnych dla kultury narodowej; finansowanie nagrody Narodowego Centrum Nauki przyznawanej zgodnie z regulaminem określonym przez Radę i zatwierdzonym przez Ministra.
Organizacja Dyrektora NCN powołuje Minister właściwy do spraw nauki, po przeprowadzeniu otwartego konkursu.
Pierwszym dyrektorem powołanym na czteroletnią kadencję (od 4 marca 2011 do 3 marca 2015) został prof. Andrzej Jajszczyk. Od 4 marca 2015 funkcję tę pełnił przez 2 kadencje prof. Zbigniew Błocki. 30 października 2023 dyrektorem NCN został prof. Krzysztof Jóźwiak.
Rada NCN składa się z dwudziestu czterech członków, powoływanych przez Ministra właściwego do spraw nauki spośród kandydatów wskazanych przez Zespół Identyfikujący.