W 1776 roku papież Pius VI prekonizował go na biskupa ordynariusza Santa Cruz de la Sierra. Trzy lata później został awansowany na arcybiskupa metropolitę limskiego. Uroczysty ingres do tamtejszej katedry oraz rządy objął 15 lutego 1782 roku. Na ich początku dokonał wizytacji duszpasterskiej parafii położonych w prowincjach: Carabayllo, Santa Rosa de Quives, Arahuay, Canta, Chancay, Cajamarca, Huaylas, Conchucos, Huamalíes, Huanuco, Tarma i Jauja, Yauyos, Cañete, Aucallama, Chavin, San Miguel de Huascar Matahuasi, Sincos, Huarco, Huanec, Lampi, Moro i Chong. W ich czasie dbał o to, aby miejscowe duchowieństwo znało szczegółowo ogólne zasady organizacji swoich parafii oraz umiało rozliczań należności za chrzty i śluby. Ponadto niezwykle ważne było dla niego prawidłowe głoszenie katechezy. Dokonał także obliczenia liczby wiernych zamieszkujących archidiecezję, których liczba wynosiła 383 713, w tym w samej Limie – 63 331.
Starał się aby parafie stały się nie tylko miejscem spotkań wiernych z danego obszaru, ale także prawdziwymi ośrodków kultury i edukacji. Zreformował seminarium duchowne oraz wydał regulacje dotyczące grzebania zmarłych i bicia dzwonów. Ponadto ukończył remont katedry, rozpoczęty jeszcze w 1755 roku.