W ostatnim konkursie zamykającym sezon 2011/2012 pucharu świata w skokach narciarskich ponownie zajęła drugie miejsce i ostatecznie uplasowała się na trzeciej pozycji w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata za rok 2011/2012.
2012/2013 Sara Takanashi 14 sierpnia 2012 roku zainaugurowała pierwszy w historii konkurs wchodzący w skład Letniego Grand Prix kobiet, który odbył się w Courchevel. Był to konkurs drużyn mieszanych, gdzie wraz z Yūki Itō, Noriakim Kasai i Yūtą Watase stanęła na najwyższym stopniu podium. Następnego dnia wzięła udział w konkursie indywidualnym i zajęła ósmą lokatę. W kolejnym konkursie, dwa dni później w Hinterzarten, uplasowała się na drugim stopniu podium, przegrywając tylko z Danielą Iraschko. Ostatnie dwa konkursy w sezonie letnim, które odbyły się w Ałmaty, zadecydowały o jej końcowym triumfie w klasyfikacji generalnej Letniego Grand Prix 2012.