W drugim zwyciężyła, uzyskując w drugiej serii najdłuższy skok konkursu 105 metrów.
Podczas Mistrzostw Świata Juniorów w Narciarstwie Klasycznym 2013 w Libercu w konkursie indywidualnym obroniła tytuł mistrzowski i zdobyła złoty medal. Stała się jednocześnie pierwszą zawodniczką w historii tej imprezy, która tego dokonała. W konkursie drużynowym po dyskwalifikacji Yūki Kobayashi w pierwszej serii, jako członkini składu Japonii uplasowała się na piątym miejscu.
Po zakończeniu mistrzostw Puchar Świata przeniósł się do ojczystego kraju Takanashi. W Sapporo Japonka jednak uzyskała najgorsze wyniki sezonu zajmując po raz pierwszy w miejsce poza pierwszą dziesiątką – 12. miejsce w pierwszym konkursie, w drugim będąc piątą zawodniczką w klasyfikacji. W kolejnych dwóch konkursach w Zaō zwyciężyła. Serię tę przedłużyła w Ljubnie, gdzie również dwukrotnie zwyciężyła. W ten sposób zapewniła sobie kryształową kulę przed mistrzostwami świata.
Podczas mistrzostw świata w Val di Fiemme po raz pierwszy zawodniczki mogły zdobyć dwa medale. Jeden w konkursie indywidualnym, a drugi w konkursie drużynowym mieszanym. Japonka dwukrotnie stanęła na podium.