340–370 m n.p.m., w Obniżeniu Bystrzycy Kłodzkiej, stanowiącym oś Rowu Górnej Nysy, pomiędzy Górami Bystrzyckimi na zachodzie a Wysoczyzną Idzikowską na wschodzie.
Od Kłodzka, stolicy powiatu miasto jest oddalone o 17,6 km. Bystrzyca Kłodzka na północy graniczy z Zabłociem i Starym Waliszowem, Starą Bystrzycą na zachodzie, Długopolem Dolnym i Wilkanowem na południu i Pławnicą na wschodzie.
Warunki naturalne Bystrzyckie stare miasto, znajdujące się w centrum dzisiejszego miasta, usytuowane jest na wysokim wzniesieniu, które od wschodu i południa obmywają wody Nysy Kłodzkiej i Bystrzycy. Zbocza tego wzniesienia opadają bardzo stromo w tych dwóch kierunkach, miejscami skalnymi urwiskami. Są to pozostałości po plejstoceńskiej terasie nadrzecznej o wysokości do 20 m. Na wzniesieniu tym, na wysokości ok. 360 m n.p.m. rozplanowano miasto średniowieczne. Przeciwległy brzeg, tzw. Góra Parkowa jest ukształtowana w podobny sposób. Sprawia to, że Bystrzyca Kłodzka posiada jedną z najpiękniejszych panoram miejskich, szczególnie oglądaną z prawego brzegu Nysy Kłodzkiej, prezentującą ciekawy styl zabudowy tarasowej. Bystrzyca Kłodzka leży na klimatycznej strefie przejściowej, z niewielką przewagą klimatu kontynentalnego. Średnia temperatura roku wynosi 7,4 °C, z kolei roczna amplituda sięga 19,3 °C.