Więźniowie byli wykorzystywani przy pracach fortyfikacyjnych w okolicy Gorajca; warunki bytowe były bardzo ciężkie, a obóz ostatecznie zlikwidowano jesienią 1940, część robotników przeniesiono do obozu pracy w Dzikowie Starym. Do dziś materialnym śladem tych prac pozostały fragmenty rowu przeciwczołgowego w pobliżu GorajcaRóg Tomasz, Gmina Cieszanów i jej mieszkańcy w latach 1939–1947, Cieszanów 2014, s. 178–211..
W 1942 r. doszło do kolejnego etapu eksterminacji ludności żydowskiej. Pod koniec lutego 1942 Niemcy utworzyli w Cieszanowie getto na obszarze przylegającym do synagogi. Umieszczono w nim ok. 2000 Żydów spoza powiatu, w tym dużą grupę przywiezioną z Krakowa, a także transporty z Tomaszowa Lubelskiego (m.in. 817 osób) oraz z Mielca (ok. 500 osób). Getto zostało zlikwidowane 22 maja 1942 r., a jego mieszkańców deportowano do obozu zagłady w Bełżcu, część została zamordowana w Wierzbicy.
W samej gminie Cieszanów (w tym w Cieszanowie) działały dwie równoległe placówki AK, należące do dwóch różnych obwodów: jarosławskiego i tomaszowskiego, co tworzyło „podwójną sieć konspiracji”.