Osiągany próg wykrywalności składników analizowanych próbek zależy od czystości gazu nośnego. W przypadku oznaczania stężeń z zakresu 0–1 ppm (ślady), należy stosować gazy nośne o najwyższej dostępnej czystości (poziom 99,999%). Możliwy jest zakup gazów o żądanej czystości, zależnej od typu stosowanego detektora i pożądanego poziomu wykrywalności składników próbki. W butlach ciśnieniowych, dostarczanych jako specjalne gazy do celów analizy chromatograficznej, azot, hel i argon mogą zawierać <0,01 ppm tlenu, <0,02 ppm wody i <0,1 ppm węglowodorów. Bardzo czyste gazy, na przykład wodór i powietrze syntetyczne do celów chromatograficznych, są też wytwarzane w laboratoriach z użyciem specjalistycznych generatorów.
W przypadku oznaczania stężeń większych od 1 ppm wymagania dotyczące czystości gazu nośnego nie są tak rygorystyczne. Tańsze gazy o mniejszej czystości oczyszcza się w laboratorium, przed ich wprowadzeniem do kolumny (np. osuszanie, odtlenianie, usuwanie węglowodorów). Stosowane są zwykle odtleniacze miedziowe lub palladowe oraz filtry adsorpcyjne, na przykład z sitami cząsteczkowymi lub żelem krzemionkowym. Sita usuwają, poza wodą, dwutlenki: węgla, siarki i azotu oraz chlorowodór.