Aresztowani razem z biskupem Łukaszem biskup Borys i archimandryta Walenty w swoich zeznaniach „potwierdzili” zarzuty postawione mu w śledztwie. Ostatecznie biskup został skazany na pięć lat zsyłki do miejscowości Bolszaja Murta.
Po dotarciu do miejsca zesłania Łukasz (Wojno-Jasieniecki) został tam zatrudniony w szpitalu. Po agresji III Rzeszy na Związek Radziecki został mianowany konsultantem szpitali w Kraju Krasnojarskim i otrzymał list gratulacyjny Rady Syberyjskiego Okręgu Wojskowego za zaangażowanie w leczenie rannych żołnierzy Armii Czerwonej. W 1942 otrzymał godność biskupa krasnojarskiego. W momencie objęcia przez niego katedry na terenie eparchii działały dwie cerkwie obsługiwane przez dwóch duchownych, zaś praktyki religijne wśród ludności praktycznie zanikły. Duchowny starał się przeciwdziałać takiemu stanowi rzeczy.
W 1943 ukazało się poprawione II wydanie Zarysu chirurgii przypadków ropnych, zaś w roku następnym – napisana w oparciu o ostatnie doświadczenia autora praca Opóźnione resekcje zainfekowanych ran postrzałowych stawów. Za obydwie publikacje Łukasz (Wojno-Jasieniecki) otrzymał Nagrodę Stalinowską w dziedzinie medycyny. Z 200 tys. rubli, jakie otrzymał, 130 tys.