Do chwili obecnej zachował się kościół konwentualny (obecnie kościół rektorski kapucynów) oraz fragment zabudowań klasztornych, w latach 1837–1937 mieszczący szpital miejski, a od 1945 roku w gestii Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy.
Historia Bernardynki w Bydgoszczy Ulokowanie w Bydgoszczy konwentu klarysek poprzedziło powstanie 120 lat wcześniej żeńskiej zakonnej wspólnoty, nazywanej bernardynkami, związanej z klasztorem bernardynów bydgoskichKlasztory bernardyńskie w Polsce w jej granicach historycznych. Praca zbiorowa pod red. Ks. Hieronima Eug. Wyczawskiego OFM. Wydawnictwo Bernardynów „Calvarianum”. Kalwaria Zebrzydowska 1985, str. 504–505.. Początki tej wspólnoty miały miejsce w końcu XV wieku, niedługo po fundacji bydgoskiego klasztoru bernardynów w 1480 rokuTego rodzaju wspólnoty, oparte na trzeciej regule św. Franciszka, powstawały z reguły przy wszystkich XV-wiecznych klasztorach bernardynów. Wiadomości o kongregacji bydgoskiej są bardzo skąpe. Wiadomo, że siostry ślubowały posłuszeństwo i czystość, natomiast nie składały ślubu ubóstwa, czego dowodem jest fakt testamentarnej darowizny na rzecz bernardynów w 1553 roku przez siostrę Emerencjanę.