30 sierpnia 1944 po wręczeniu nominacji oficerskich nakazał Batalionowi Partyzanckiemu „Skała” majora Jana Pańczakiewicza „Ziemowita” przejście do lasów na zachód od szosy Warszawa-Kraków. Rozkazem KG AK z 28 lipca 1944 mianowany generałem brygady.
1 września 1944, pomimo istnienia planów operacyjnych w Dowództwie Armii Krajowej i bezpośredniego rozkazu komendanta głównego Armii Krajowej, generała „Bora” Komorowskiego, pomimo ogłoszenia stanu pełnego gotowości bojowej, nie wydał rozkazu rozpoczęcia powstania w Krakowie. W wielu źródłach decyzja ta jest do dziś różnie oceniana, acz przeważają opinie, że znacznie gorsza sytuacja militarna Armii Krajowej w Krakowie, w stosunku do Warszawy, nie rokowała żadnych szans powodzenia powstania, narażając tylko ludność cywilną na poważne straty. Faktem jest, że powstanie warszawskie nie było popierane przez rząd emigracyjny w Londynie, co również mogło mieć istotny wpływ na decyzję odnośnie do niewszczynania powstania w Krakowie. Tego samego dnia, Godlewski, rozkazał natomiast baonowi „Skała” ruszyć na pomoc Warszawie. 11 września 1944 wydał rozkaz do prowadzenia ograniczonych działań prowadzonych w ramach akcji „Burza”.